Dalam rangka mewujudkan akuntabilitas pengelolaan keuangan, mulai tanggal 7 Maret 2011 Laporan Keuangan BLU Unsoed tahun 2010 diaudit oleh Kantor Akuntan Publik (KAP). Audit yang dilakukan oleh auditor independen tersebut adalah merupakan salah satu amanat dalam PP Nomor 23 Tahun 2005 tentang Pengelolaan Badan Layanan Umum. Audit tersebut akan memberikan opini tentang kewajaran laporan keuangan yang disusun oleh manajemen Univerisitas Jenderal Soedirman, dimana auditor dapat memberikan beberapa jenis opini yaitu: wajar tanpa pengecualian (WTP), wajar dengan pengecualian (WDP), tidak wajar (TW) atau tidak memberikan pendapat (disclaimer).
Dalam teori auditing, masing-masing opini yang diberikan oleh auditor dipengaruhi oleh beberapa kriteria diantaranya, jika pengendalian internal memadai dan tidak terdapat salah saji yang material maka auditor dapat memberikan opini WTP; jika pengendalian internal memadai namun terdapat salah saji yang material pada beberapa hal maka auditor dapat memberikan opini WDP; jika pengendalian internal tidak memadai dan terdapat banyak salah saji yang material pada banyak hal maka auditor dapat memberikan opini tidak wajar (TW); kemudian jika auditor tidak cukup bukti untuk membuat opini dikarenakan terdapat pembatasan-pembatasan dalam menjalankan prosedur audit atau auditor merasa dalam kedudukan yang tidak independen maka auditor dapat memberikan opini disclaimer.
